Finalmente pude resolver la mayoría de los problemas técnicos que estaba acarreando con un cambio de papel. Pasé de un papel para acuarela a uno para dibujo, mucho mas liso y probablemente un poco acerado, que elimina mucha de la textura del dibujo y que permite que el scotch no rasgue el papel.
De esa forma las máscaras son más limpias, la apariencia de los planos de color más puras, y deja sólo la interacción de los planos de color.